I obyčejný perník můžeme upéct zdravě. Stačí nahradit, třeba jen část, klasické mouky za mouku celozrnnou, žitnou případně bezlepkovou. Nezdravý bílý cukr nahradíme třtinovým. Pokud použijeme bezlepkovou nebo celozrnnou mouku, je třeba přidat více tekutiny.