Dýni rozkrojíme, odstraníme semena a měkkou dužinu, oloupeme a nakrájíme na řezy. Dýňové řezy nakrájíme na kostičky o hraně přibližně 2 cm, vložíme do mísy, zalijeme je roztokem vody a kyseliny citronové a necháme 15 minut odstát.
Následně dýni hokaido scedíme a necháme řádně okapat. Dýni malinko předvaříme (stačí 5 minut), scedíme a pokládáme do sklenic, na jejichž dno vložíme 2 - 3 hřebíčky, 1 - 2 kolečka oloupaného citronu a kousek celé skořice. Dýni a koření zalijeme cukerným roztokem, zavíčkujeme a sterilujeme zhruba 30 minut při 90 °C.
Dýňový kompot podáváme podle chuti jako přílohu k nejrůznějším pokrmům.